Después de que los agricultores hayan cosechado las vainas de cacao del árbol, una parte del trabajo más crucial comienza a desarrollarse para obtener chocolate fino de alta calidad, la fermentación de los granos del cacao. Los granos deben fermentarse cuidadosamente para sacar los mejores sabores. Desafortunadamente el proceso de fermentación adecuada es subestimado tanto por el público como por el agricultor. Sin embargo, para el chocolatero artesanal, la fermentación apropiada del cacao es una fase crítica.

Eliminación de los Taninos.

En la fase de fermentación de los granos del cacao debemos eliminar por oxidación y otros procesos los taninos presentes en el grano, que dependiendo del estudio que se lea, oscilara entre un 5 y un 15% del peso del grano. Los taninos aportan un sabor astringente al resultado final del chocolate y deben ser eliminados. Para hacernos una idea del toque que aportan los taninos les pongo el ejemplo del vino; proceden de las partes más sólidas del racimo (piel, hollejo, pepitas) y/o de la madera de las barricas, siendo más abundantes en los vinos tintos que en los blancos. Son fácilmente reconocibles pues  se presentan de forma agresiva, ofreciendo una sensación secante y vegetal, que aparece en las encías y el paladar y en el caso del vino, siendo taninos nobles, son muy deseables pero no en el chocolate. Por tanto cuantos menos taninos tengamos en el grano en crudo, menos procesos para eliminarlos tendremos que efectuar, y así evitar el  consiguiente  peligro de eliminar otros sabores que sí nos son interesantes en el resultado final.

Comienza la fermentación del cacao.

Cada cápsula de cacao contiene aproximadamente 40 judias, y deben extraerse cuidadosamente de las vainas para garantizar que las mismas no se dañen en el proceso. Algunos agricultores usarán machetes para abrir las vainas, pero esto puede dañar los granos y causar problemas de calidad en el producto durante la fermentación y el tostado. Los granjeros más cuidadosos rasparan rápidamente la vaina de cacao en una roca o árbol, y la vaina se abrirá rápida y fácilmente, permitiendo que las semillas se saquen sin daño. Al sacarlos de la vaina, tienen un recubrimiento blanco de mucílago. Es dulce y sin embargo agrio. Es un poco como un limón muy dulce y es increíblemente refrescante en un día tropical caluroso. Este recubrimiento proporciona una fuente de alimento para la semilla a medida que germina. También proporciona el azúcar necesario como base para el proceso de fermentación que experimentará posteriormente.

Las judias de cacao  se disponen en unas cajas de fermentación o “sweatboxes” (cajas de sudor). Como la mayoría del material orgánico por simple exposición al aire fermenta y de igual forma empieza a germinar,  por lo que el paso desde que se abre la vaina hasta que llega a la caja de fermentación tiene que ser muy rápido, para poder controlarlo  adecuadamente. Una vez en la caja, esporas de levaduras naturales (Saccharomyces) se asientan sobre los granos y empiezan a convertir el azúcar de los mucilagos en alcohol y CO2. así mismo el alcohol se convierte en ácido acético  por acción de la misma bacteria responsable de convertir el vino en vinagre la Mycoderma aceti y que posteriormente será eliminado.

Los cambios químicos.

Ocurren tanto fuera como dentro de la judía.  El revestimiento dulce en forma de mucílago estimula la fermentación que tiene lugar fuera. Dada la increíble cantidad de fermentación, la temperatura aumenta rápidamente. De hecho, durante la fermentación del cacao las temperaturas pueden subir a 48 ° C, tan calientes que si pusiera la mano en la masa, no aguantaria mucho tiempo. En el segundo día de fermentación, la temperatura se estabiliza a unos 43 C, donde el germen dentro del grano de cacao muere por el calor, el alcohol y el ácido acético. Cuando el germen muere, comienzan importantes cambios químicos a medida que se liberan las enzimas de la misma judía. Los granos también deben rotarse dentro de las sweatboxes. Esto se hace normalmente transfiriendo los granos de un sweatbox a otro. En el proceso, si se rotan con demasiada frecuencia, obtendrán demasiado oxígeno, y los granos se calentarán demasiado y adquirirán manchas oscuras. Por otro lado, si se giran con poca frecuencia, los granos de cacao fermentarán de manera incoherente, ya que los granos en el interior de la caja obtendrán menos oxígeno que los de los lados. Como con la mayoría de las cosas, para hacerlo bien se requiere una habilidad artística.

Una de las primeras técnicas industriales fue disponer los Sweatboxes en forma de escalera, de manera que podían verter el contenido del cajón superior en el inferior controlando así el volteo y el tiempo en cada cajón.

En cuanto al tiempo de fermentación, como no puede ser de otra forma, depende del tipo de grano pero suele ser de entre 5 y 7 días.